Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "NICD", 
2
  "author": "NICD", 
            
3
  "author_email": "", 
3
  "author_email": "", 
            
4
  "creator_user_id": "744d8eac-9b45-47f6-9b49-08a7239f87f8", 
4
  "creator_user_id": "744d8eac-9b45-47f6-9b49-08a7239f87f8", 
            
5
  "extras": [], 
5
  "extras": [], 
            
6
  "groups": [], 
6
  "groups": [], 
            
7
  "id": "29d8104a-64f7-4db4-bc95-b1216fe31edb", 
7
  "id": "29d8104a-64f7-4db4-bc95-b1216fe31edb", 
            
8
  "isopen": true, 
8
  "isopen": true, 
            
9
  "license_id": "cc-by", 
9
  "license_id": "cc-by", 
            
10
  "license_title": "Creative Commons Attribution", 
10
  "license_title": "Creative Commons Attribution", 
            
11
  "license_url": "http://www.opendefinition.org/licenses/cc-by", 
11
  "license_url": "http://www.opendefinition.org/licenses/cc-by", 
            
12
  "maintainer": "NICD", 
12
  "maintainer": "NICD", 
            
13
  "maintainer_email": "", 
13
  "maintainer_email": "", 
            
14
  "metadata_created": "2021-02-17T23:44:10.911001", 
14
  "metadata_created": "2021-02-17T23:44:10.911001", 
            
n
15
  "metadata_modified": "2021-02-17T23:44:10.911010", 
n
15
  "metadata_modified": "2021-02-17T23:47:00.128559", 
            
16
  "name": 
16
  "name": 
            
17
"confirmed-sars-cov-2-cases-in-south-africa-by-sub-district", 
17
"confirmed-sars-cov-2-cases-in-south-africa-by-sub-district", 
            
18
  "notes": "The National Institute for Communicable Diseases (NICD) 
18
  "notes": "The National Institute for Communicable Diseases (NICD) 
            
19
has received requests from insurance companies, business owners and 
19
has received requests from insurance companies, business owners and 
            
20
members of the public to provide information on the location and dates 
20
members of the public to provide information on the location and dates 
            
21
of confirmed SARS-CoV-2 cases in South Africa to facilitate the 
21
of confirmed SARS-CoV-2 cases in South Africa to facilitate the 
            
22
lodging and assessment of insurance claims.\r\n\r\nThe below link 
22
lodging and assessment of insurance claims.\r\n\r\nThe below link 
            
23
contains the date of the first confirmed known SARS-CoV-2 case by 
23
contains the date of the first confirmed known SARS-CoV-2 case by 
            
24
sub-district, or health area within metropolitan areas. It is almost 
24
sub-district, or health area within metropolitan areas. It is almost 
            
25
certain that there were undiagnosed SARS-CoV-2 cases in all 
25
certain that there were undiagnosed SARS-CoV-2 cases in all 
            
26
sub-districts prior to the date of the first confirmed, geolocated 
26
sub-districts prior to the date of the first confirmed, geolocated 
            
27
case provided in the list.\r\n\r\n## Data sources and methods 
27
case provided in the list.\r\n\r\n## Data sources and methods 
            
28
##\r\n\r\nThe following data sources, as of 21 January 2021, were used 
28
##\r\n\r\nThe following data sources, as of 21 January 2021, were used 
            
29
to compile the list:\r\n+ Laboratory data on all positive SARS-CoV-2 
29
to compile the list:\r\n+ Laboratory data on all positive SARS-CoV-2 
            
30
tests reported from public and private laboratories contained in the 
30
tests reported from public and private laboratories contained in the 
            
31
National Health Laboratory Service (NHLS) and NICD Data 
31
National Health Laboratory Service (NHLS) and NICD Data 
            
32
Warehouses\r\n+ The DATCOV hospital admission surveillance 
32
Warehouses\r\n+ The DATCOV hospital admission surveillance 
            
33
database\r\n+ COVID-19 Notifiable Medical Conditions Sentinel 
33
database\r\n+ COVID-19 Notifiable Medical Conditions Sentinel 
            
34
Surveillance (NMCSS) masterlist.\r\n\r\nThe date of specimen 
34
Surveillance (NMCSS) masterlist.\r\n\r\nThe date of specimen 
            
35
collection, or alternatively the date of laboratory registration of 
35
collection, or alternatively the date of laboratory registration of 
            
36
sample were used to determine first date of SARS-Cov-2 cases. 
36
sample were used to determine first date of SARS-Cov-2 cases. 
            
37
Sub-district and health area locations were determined from 
37
Sub-district and health area locations were determined from 
            
38
geolocation of patient residential addresses, the addresses of health 
38
geolocation of patient residential addresses, the addresses of health 
            
39
practitioners or facilities where samples were collected or where 
39
practitioners or facilities where samples were collected or where 
            
40
patients were admitted, and the district and sub-district assignment 
40
patients were admitted, and the district and sub-district assignment 
            
41
of cases within the NMCSS database. Manual review of some early cases 
41
of cases within the NMCSS database. Manual review of some early cases 
            
42
was undertaken to improve accuracy.\r\n\r\n## Limitations 
42
was undertaken to improve accuracy.\r\n\r\n## Limitations 
            
43
##\r\n\r\nThe list of first confirmed case is subject to the following 
43
##\r\n\r\nThe list of first confirmed case is subject to the following 
            
44
limitations:\r\n+ Possible incomplete reporting of SARS-CoV-2 tests to 
44
limitations:\r\n+ Possible incomplete reporting of SARS-CoV-2 tests to 
            
45
the NHLS and NICD\r\n+ Incomplete reporting of COVID-19 hospital 
45
the NHLS and NICD\r\n+ Incomplete reporting of COVID-19 hospital 
            
46
admissions to the NICD, particularly in the early stages of the 
46
admissions to the NICD, particularly in the early stages of the 
            
47
epidemic\r\n+ The district and sub-district location of independent 
47
epidemic\r\n+ The district and sub-district location of independent 
            
48
private practitioners is unknown for the majority of samples submitted 
48
private practitioners is unknown for the majority of samples submitted 
            
49
to private laboratories\r\n\r\n## Missing and incomplete patient 
49
to private laboratories\r\n\r\n## Missing and incomplete patient 
            
50
address data ##\r\n\r\nWhile processes to ensure the accuracy of 
50
address data ##\r\n\r\nWhile processes to ensure the accuracy of 
            
51
methods employed to geolocation non-standardised address fields have 
51
methods employed to geolocation non-standardised address fields have 
            
52
been implemented and are continuously being refined, geolocations may 
52
been implemented and are continuously being refined, geolocations may 
            
53
be subject to error. In particular addresses in informal settlements 
53
be subject to error. In particular addresses in informal settlements 
            
54
are less likely to be able to be geolocated resulting in a higher 
54
are less likely to be able to be geolocated resulting in a higher 
            
55
likelihood of these addresses not being geolocated.\r\n\r\nProvincial 
55
likelihood of these addresses not being geolocated.\r\n\r\nProvincial 
            
56
and district departments of health, individual health care providers 
56
and district departments of health, individual health care providers 
            
57
and members of the public may have access to other sources of 
57
and members of the public may have access to other sources of 
            
58
information regarding the timing, location, and movement of COVID-19 
58
information regarding the timing, location, and movement of COVID-19 
            
59
cases.\r\nDelays between infection and sample collection have not been 
59
cases.\r\nDelays between infection and sample collection have not been 
            
60
taken into account.\r\n\r\nThe NICD continues to refine the 
60
taken into account.\r\n\r\nThe NICD continues to refine the 
            
61
geolocation algorithms and incorporate additional sources of data to 
61
geolocation algorithms and incorporate additional sources of data to 
            
62
compile the list of first confirmed cases by sub-district. As of 21 
62
compile the list of first confirmed cases by sub-district. As of 21 
            
63
January 2021, 13.6% of cases in the NMCSS had not been allocated to a 
63
January 2021, 13.6% of cases in the NMCSS had not been allocated to a 
            
64
district and 27% had not been allocated to a sub-district. As our 
64
district and 27% had not been allocated to a sub-district. As our 
            
65
geolocation algorithms are refined, and additional data sources are 
65
geolocation algorithms are refined, and additional data sources are 
            
66
incorporated, the dates of first confirmed SARS-CoV-2 cases may 
66
incorporated, the dates of first confirmed SARS-CoV-2 cases may 
            
67
change\r\n\r\n## Data Dictionary ##\r\n\r\n+ Province - The South 
67
change\r\n\r\n## Data Dictionary ##\r\n\r\n+ Province - The South 
            
68
African province\r\n+ District\r\n+ Subdistrict\r\n+ Date of first 
68
African province\r\n+ District\r\n+ Subdistrict\r\n+ Date of first 
            
69
known confirmed case in province\r\n+ Date of first known confirmed 
69
known confirmed case in province\r\n+ Date of first known confirmed 
            
70
case in district\r\n+ Date of first known confirmed case in 
70
case in district\r\n+ Date of first known confirmed case in 
            
71
sub-district", 
71
sub-district", 
            
n
72
  "num_resources": 0, 
n
72
  "num_resources": 1, 
            
73
  "num_tags": 6, 
73
  "num_tags": 6, 
            
74
  "organization": {
74
  "organization": {
            
75
    "approval_status": "approved", 
75
    "approval_status": "approved", 
            
76
    "created": "2021-02-17T22:51:21.925613", 
76
    "created": "2021-02-17T22:51:21.925613", 
            
77
    "description": "NICD Datasets", 
77
    "description": "NICD Datasets", 
            
78
    "id": "706c3633-ecd2-4f6a-af24-be4eab50e049", 
78
    "id": "706c3633-ecd2-4f6a-af24-be4eab50e049", 
            
79
    "image_url": "2021-02-17-225121.912527NICD-Logo.jpg", 
79
    "image_url": "2021-02-17-225121.912527NICD-Logo.jpg", 
            
80
    "is_organization": true, 
80
    "is_organization": true, 
            
81
    "name": "national-institute-for-communicable-diseases", 
81
    "name": "national-institute-for-communicable-diseases", 
            
82
    "revision_id": "db97da0b-47d2-43c1-9102-13f01686ee12", 
82
    "revision_id": "db97da0b-47d2-43c1-9102-13f01686ee12", 
            
83
    "state": "active", 
83
    "state": "active", 
            
84
    "title": "National Institute For Communicable Diseases", 
84
    "title": "National Institute For Communicable Diseases", 
            
85
    "type": "organization"
85
    "type": "organization"
            
86
  }, 
86
  }, 
            
87
  "owner_org": "706c3633-ecd2-4f6a-af24-be4eab50e049", 
87
  "owner_org": "706c3633-ecd2-4f6a-af24-be4eab50e049", 
            
88
  "private": false, 
88
  "private": false, 
            
89
  "relationships_as_object": [], 
89
  "relationships_as_object": [], 
            
90
  "relationships_as_subject": [], 
90
  "relationships_as_subject": [], 
            
t
91
  "resources": [], 
t
91
  "resources": [
            
92
    {
            
93
      "cache_last_updated": null, 
            
94
      "cache_url": null, 
            
95
      "created": "2021-02-17T23:47:00.150017", 
            
96
      "datastore_active": false, 
            
97
      "description": "A data set of the date of the first confirmed 
            
98
known SARS-CoV-2 case by sub-district, or health area within 
            
99
metropolitan areas in South Africa", 
            
100
      "format": "XLSX", 
            
101
      "hash": "", 
            
102
      "id": "d32e1708-b969-4e75-98eb-3e921e2be841", 
            
103
      "last_modified": "2021-02-17T23:47:00.108344", 
            
104
      "mimetype": null, 
            
105
      "mimetype_inner": null, 
            
106
      "name": 
            
107
"CONFIRMED-SARS-COV-2-CASES-BY-SUB-DISTRICT_final_26012021 (1).xlsx", 
            
108
      "package_id": "29d8104a-64f7-4db4-bc95-b1216fe31edb", 
            
109
      "position": 0, 
            
110
      "resource_type": null, 
            
111
      "revision_id": "66b0dc68-2e1a-4a30-8cd3-d43cc919af2a", 
            
112
      "size": null, 
            
113
      "state": "active", 
            
114
      "url": 
            
115
oad/confirmed-sars-cov-2-cases-by-sub-district_final_26012021-1.xlsx", 
            
116
      "url_type": "upload"
            
117
    }
            
118
  ], 
            
92
  "revision_id": "c9006031-0be2-4a1e-ae6d-f446b04967e1", 
119
  "revision_id": "c9006031-0be2-4a1e-ae6d-f446b04967e1", 
            
93
  "state": "draft", 
120
  "state": "draft", 
            
94
  "tags": [
121
  "tags": [
            
95
    {
122
    {
            
96
      "display_name": "NICD", 
123
      "display_name": "NICD", 
            
97
      "id": "83676bf8-3f0d-41d5-836b-2dc85557e6dc", 
124
      "id": "83676bf8-3f0d-41d5-836b-2dc85557e6dc", 
            
98
      "name": "NICD", 
125
      "name": "NICD", 
            
99
      "state": "active", 
126
      "state": "active", 
            
100
      "vocabulary_id": null
127
      "vocabulary_id": null
            
101
    }, 
128
    }, 
            
102
    {
129
    {
            
103
      "display_name": "South Africa", 
130
      "display_name": "South Africa", 
            
104
      "id": "6289cce0-c463-44f3-be8a-6d2b34222845", 
131
      "id": "6289cce0-c463-44f3-be8a-6d2b34222845", 
            
105
      "name": "South Africa", 
132
      "name": "South Africa", 
            
106
      "state": "active", 
133
      "state": "active", 
            
107
      "vocabulary_id": null
134
      "vocabulary_id": null
            
108
    }, 
135
    }, 
            
109
    {
136
    {
            
110
      "display_name": "cases", 
137
      "display_name": "cases", 
            
111
      "id": "72d69499-eff5-49eb-9fd8-e79fc0a34ac7", 
138
      "id": "72d69499-eff5-49eb-9fd8-e79fc0a34ac7", 
            
112
      "name": "cases", 
139
      "name": "cases", 
            
113
      "state": "active", 
140
      "state": "active", 
            
114
      "vocabulary_id": null
141
      "vocabulary_id": null
            
115
    }, 
142
    }, 
            
116
    {
143
    {
            
117
      "display_name": "first cases", 
144
      "display_name": "first cases", 
            
118
      "id": "c70295c3-1222-4b63-a949-08285d822283", 
145
      "id": "c70295c3-1222-4b63-a949-08285d822283", 
            
119
      "name": "first cases", 
146
      "name": "first cases", 
            
120
      "state": "active", 
147
      "state": "active", 
            
121
      "vocabulary_id": null
148
      "vocabulary_id": null
            
122
    }, 
149
    }, 
            
123
    {
150
    {
            
124
      "display_name": "hospital admission", 
151
      "display_name": "hospital admission", 
            
125
      "id": "7701fc9a-ab4f-46f6-aed7-720887843316", 
152
      "id": "7701fc9a-ab4f-46f6-aed7-720887843316", 
            
126
      "name": "hospital admission", 
153
      "name": "hospital admission", 
            
127
      "state": "active", 
154
      "state": "active", 
            
128
      "vocabulary_id": null
155
      "vocabulary_id": null
            
129
    }, 
156
    }, 
            
130
    {
157
    {
            
131
      "display_name": "sub-district", 
158
      "display_name": "sub-district", 
            
132
      "id": "22b13d7f-d7ac-42a5-b8b1-5a0c95871504", 
159
      "id": "22b13d7f-d7ac-42a5-b8b1-5a0c95871504", 
            
133
      "name": "sub-district", 
160
      "name": "sub-district", 
            
134
      "state": "active", 
161
      "state": "active", 
            
135
      "vocabulary_id": null
162
      "vocabulary_id": null
            
136
    }
163
    }
            
137
  ], 
164
  ], 
            
138
  "title": "Confirmed SARS-CoV-2 Cases in South Africa by 
165
  "title": "Confirmed SARS-CoV-2 Cases in South Africa by 
            
139
Sub-District", 
166
Sub-District", 
            
140
  "type": "dataset", 
167
  "type": "dataset", 
            
141
  "url": 
168
  "url": 
            
142
tps://www.nicd.ac.za/diseases-a-z-index/covid-19/covid-19-resources/", 
169
tps://www.nicd.ac.za/diseases-a-z-index/covid-19/covid-19-resources/", 
            
143
  "version": ""
170
  "version": ""
            
144
}
171
}